Đa phần các lưu vực sông (LVS) lớn như LVS Hồng - Thái Bình và LVS Mã - Chu, LVS Cả - La, LVS Vu Gia -Thu Bồn và LVS Mê Kông môi trường nước duy trì ở mức tốt đến rất tốt. Tuy nhiên, vẫn còn nhiều điểm ô nhiễm cục bộ trên các LVS vẫn chưa được xử lý.